Quốc Anh sinh ra tại Trà My, Quảng Nam, có bố là ông Huỳnh Quốc Thu từng là công nhân lái xe cho một xí nghiệp ở địa phương, mẹ là bà Lê Thị Tuyển - giáo viên tiểu học. Giống với đàn anh Nguyễn Minh Phương, Quốc Anh được biết đến là một người được học hành đầy đủ và sức học rất tốt. Nhưng cùng với đó anh có một niềm đam mê mãnh liệt với bóng đá mặc cho sự ngăn cản từ gia đình.